嘉检医学-A.高精度临床外显家系

遗传性疾病检测传统解决方案

与人类遗传性疾病相关的遗传变异涉及多种类型，包括染色体的畸变、单亲二体（UPD）、拷贝数变异（CNV，约占遗传性疾病案例的10% [PMID:26872209,28940419]）、基因的单个碱基的变异（SNV）和小片段插入/缺失变异（indel）等。不同遗传变异类型而导致相同的疾病，例如15q11母源缺失、15q11父源UPD、UBE3A基因变异、15q11印记中心缺失均可导致Angelman综合征。这往往需要经过从宏观到微观的检测和逐渐寻找病因的过程，从整条染色体的检测（核型分析），再到染色体微缺失/微重复的检测（CMA或CNVseq、FISH），再到基因层面的探索（Sanger测序、高通量测序），逐层抽丝剥茧，探究根源，这可能需要经历较长时间的检测和结果的等待，而且整体耗费较高。

基因/基因组疾病最新解决方案

更准确更省时更全面更省钱

高精度临床外显家系项目特点

秉承“Patient First”的理念，以临床应用为中心，涵盖了OMIM上已知明确的致病基因进行检测和解读，诊断阳性率超过60%。可分析涵盖从一个碱基到染色体层面的多种变异类型，具有全变异谱覆盖的特点。临床上可帮助实现精准的基因诊断，不仅有助于疾病的确诊，改善治疗和干预方案，缩短就医周期，节省就医费用，而且在短期和长期内显著提升医疗结果，是临床遗传病明确诊断的优质选择。

以“临床应用为中心”的已知致病基因

迄今为止，孟德尔遗传表型共7,103种，其中分子基础明确的为4,592种（占64%），已明确的致病基因为4,592个（占23%），其中有相当一部分基因（1,389，占比24%）存在一对多的关联，即一个基因与多种孟德尔遗传病关联（更新至2022年2月25日）。

嘉检高精度临床外显家系检测项目

精典病例 - 高精度临床外显家系

患者：男， 4岁

临床病症：

自闭症，智力低下，精神发育迟缓，头颅MRI显示髓鞘发育不良

家族史：

父母无相关临床症状

检测方案：

高精度临床外显家系

检测结果：

Rett综合征/COHEN综合征

高精度临床外显家系检测报告

一、检测结论：检测到与临床表现可能相关的多个罕见变异。

二、检测结果和解读：

检测结果质控统计：这个综合征基因包检测区间包括5,177个相关基因，74,566个编码区总共含有12,424,088个碱基。

平均覆盖深度289+/-124X，大于10X 覆盖区间占99.9%，大于20X 覆盖区间占99.8%。

基因名称	OMIM编号	遗传方式	HG19位置	转录本	基因区	核苷酸与氨基酸改变	合子状态	人群频率	ACMG变异分类	相关疾病/文献	来源
FOXG1	164874	AD	chr14:2********	NM_005249	-	c.#C>A（p.N#k）	22.1%	-	2类-可能致病	Rett综合征	新发
VPS13B	607817	AR	chr8:10*****_10*****	NM_017890	-	#号外显子缺失	X1	-	2类-可能致病	COHEN综合征	母亲（杂合）
VPS13B	607817	AR	chr8: 10*******	NM_017890	-	c.#A>G（p.S#G）	*半合	-	2类-可能致病	COHEN综合征	父亲（杂合）

病例特点:

（1）一次检测同时分析SNV、CNV（单个外显子缺失）、低比例嵌合变异；

（2）家系分析确定新发变异和复合杂合变异及来源；

（3）明确VPS13B基因的新型变异；

（4）单次检测明确两种疾病。

*一次检测同时分析点变异、单个外显子缺失和低比例嵌合变异

精典病例 - 高精度临床外显家系

患者：男， 2个月

临床病症：

噬血细胞综合征，巨细胞病毒感染

家族史：

父母无相关临床症状

检测方案：

高精度临床外显家系

检测结果：

家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症3型

高精度临床外显家系检测报告

一、检测结论：检测到与临床表现可能相关的罕见变异。

二、检测结果和解读：

检测结果质控统计：这个综合征基因包检测区间包括 5,177 个相关基因，74,566个编码区总共含有 12,424,088个碱基。

平均覆盖深度 280 +/ -177 X，大于10X 覆盖区间占99.9%，大于20X覆盖区99.7%

基因名称	OMIM编号	遗传方式	HG19位置	转录本	基因区	核苷酸与氨基酸改变	合子状态	人群频率	ACMG变异分类	相关疾病/文献	来源
UNC13D	608897	AR	chr17:7383xxxx	NM_199242	-	c.1xx-308C>T	杂合	<0.001	1类-致病突变	家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症3型	母亲（杂合）
UNC13D	608897	AR	chr17:7383xxxx	NM_199242	-	c.1xxxdelC(p.PxxxHfs*6)	杂合	<0.001	1类-致病突变	家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症3型	父亲（杂合）

家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症3型，临床表现主要特征:

① 长期发热，血细胞减少，肝脾肿大，低纤维蛋白原和甘油三酯、铁蛋白升高，会出现神经系统异常。

*精准分析已知致病的深度内含子变异

精典病例 - 高精度临床外显家系

患者：女， 3个月

临床病症：

CMA示16号染色体杂合性丢失

家族史：

父母无相关临床症状

检测方案：

高精度临床外显家系

检测结果：

母源UPD16相关疾病/遗传性淋巴水肿3型/酪氨酸血症2型

高精度临床外显家系检测报告

一、检测结论：检测到与临床表现可能相关的多个罕见变异。

二、检测结果和解读：

检测结果质控统计：这个综合征基因包检测区间包括 5,177个相关基因，74,566 个编码区总共含有 12,424,088个碱基。

平均覆盖深度315+/-182X，大于10X 覆盖区间占99.9%，大于20X 覆盖区间占99.7%

基因名称	OMIM编号	遗传方式	HG19位置	转录本	基因区	核苷酸与氨基酸改变	合子状态	人群频率	ACMG变异分类	相关疾病/文献	来源
chr16	-	-	chr16:6*_90****	-	-	90MB	mUPD	-	2类-可能致病	母源 UPD16相关疾病	母亲
PIEZO1	611184	AR	chr1688******	NM_001142864	-	c.#G>A(p.V #I)	纯合*	< 0.001	3类-意义未明	遗传性淋巴水肿 3型	母亲（杂合）
PIEZO1	611184	AR	chr1688******	NM_001142864	-	c. #A>G(p.E#G)	纯合*	0.008东亚	3类-意义未明	遗传性淋巴水肿 3型	母亲（杂合）
TAT	613018	AR	chr1671******	NM_000353	-	c. #G>A(p.R#Q)	纯合*	< 0.001	3类-意义未明	酪氨酸血症 2型	母亲（杂合）

病例特点：

① 一次检测同时分析SNV、单亲二体（UPD）；

② 单次检测明确多种疾病。

*一次检测同时分析点变异和单亲二倍体（UPD）

精典病例 - 高精度临床外显家系

患者：女， 1岁

临床病症：

宫内窘迫和出生时轻度窒息史，重度营养不良，反复发热

家族史：

父母无相关临床症状

检测方案：

高精度临床外显家系

检测结果：

7号染色体单体嵌合综合征

高精度临床外显家系检测报告

一、检测结论：检测到与临床表现可能相关的罕见变异。

二、检测结果和解读：

检测结果质控统计：这个综合征基因包检测区间包括 5,177个相关基因，74,566 个编码区总共含有12,424,088个碱基。

平均覆盖深度351+/-228X，大于10X 覆盖区间占99.9%，大于20X 覆盖区间占99.8%

基因名称	OMIM编号	遗传方式	HG19位置	转录本	基因区	核苷酸与氨基酸改变	合子状态	人群频率	ACMG变异分类	相关疾病/文献	来源
chr7	252270	-	chr 7	-	-	-	嵌合(x1.6)	-	2类-可能致病	7号染色体单体嵌合综合征	新发

病例特点：

① 精确分析父源染色体和母源染色体的比例；

② 家系分析明确变异来源。

*精准分析染色体的嵌合变异